Effect of social isolation in dengue cases in the state of Sao Paulo, Brazil: An analysis during the COVID-19 pandemic

Background Studies have shown that human mobility is an important factor in dengue epidemiology. Changes in mobility resulting from COVID-19 pandemic set up a real-life situation to test this hypothesis. Our objective was to evaluate the effect of reduced mobility due to this pandemic in the occurrence of dengue in the state of São Paulo, Brazil. Method It is an ecological study of time series, developed between January and August 2020. We use the number of confirmed dengue cases and residential mobility, on a daily basis, from secondary information sources. Mobility was represented by the daily percentage variation of residential population isolation, obtained from the Google database. We modeled the relationship between dengue occurrence and social distancing by negative binomial regression, adjusted for seasonality. We represent the social distancing dichotomously (isolation versus no isolation) and consider lag for isolation from the dates of occurrence of dengue. Results The risk of dengue decreased around 9.1% (95% CI: 14.2 to 3.7) in the presence of isolation, considering a delay of 20 days between the degree of isolation and the dengue first symptoms. Conclusions We have shown that mobility can play an important role in the epidemiology of dengue and should be considered in surveillance and control activities.

Dilemas na pesquisa induzida: experiência do Instituto Butantan no Programa de Pesquisa para o Sus / Dilemmas in induced research:experience of the Butantan Institute in the Research Program for the SUS

Este estudo analisa o perfil das instituições do Estado de São Paulo contempladas pelos editais do Programa de Pesquisa para o Sistema Único de Saúde(PPSUS), comparativamente ao Instituto Butantan. Foram empregados métodos mistos de análise, utilizando bases de dados da FAPESP e CNPq, pesquisa documental e entrevistas com 34 líderes de grupos de pesquisa do Butantan cadastrados no CNPq em 2013. Identificamos 205 projetos financiados pelo PPSUS em São Paulo entre 2004 e 2012, período em que o Instituto Butantan aparece indiretamente como instituição proponente em apenas três projetos contemplados. Os entrevistados apontam a FAPESP como sua principal fonte de financiamento e consideram que os temas apresentados no PPSUS não se adequam às linhas de pesquisa institucional.

Avaliação da rede de diagnóstico laboratorial na implantação do Programa de Prevenção e Controle das Hepatites Virais no estado de São Paulo, 1997-2012 / Assessment of laboratory diagnostic network in the implementation of the Program for Viral Hepatitis Prevention and Control in São Paulo State, Brazil, 1997-2012 / Evaluación de la red de diagnóstico de laboratorio en la implementación del Programa de Prevención y Control de las Hepatitis Virales en el estado de São Paulo, Brasil, 1997 - 2012

OBJETIVO: avaliar o desempenho da rede de diagnóstico no processo de implantação do Programa de Prevenção e Controle das Hepatites Virais (PEHV) no estado de São Paulo, Brasil, no período de 1997 a 2012. MÉTODOS: estudo avaliativo baseado em pesquisa documental e entrevista estruturada, associadas a uma análise de séries históricas de indicadores desenvolvidos para avaliar o processo de implantação do PEHV, utilizando dados do Departamento de Informática do Sistema Único de Saúde (Datasus). RESULTADOS: entre 1997 a 2012, as redes de diagnóstico sorológico, biópsia e biologia molecular apresentaram aumento dos coeficientes de cobertura de 7,4, 7,3 e 62,0 vezes, respectivamente, com aumento das notificações de portadores e do acesso ao tratamento. CONCLUSÃO: apesar da efetiva implantação da rede diagnóstica no PEHV, verifica-se a necessidade de revisão da estratégia de busca de novos portadores e acesso à biópsia de fígado, ainda insuficiente para a demanda do programa.

OBJECTIVE: to assess the performance of the diagnostic network in the implementation process of the Program for Viral Hepatitis Prevention and Control in São Paulo State, Brazil, from 1997 to 2012. METHODS: evaluation study based on documentary research and structured interviews, combined with a historical series analysis of indicators developed to assess the implementation process of the program, using data from the Department of the Brazilian National Health System. RESULTS: from 1997 to 2012, the serology, biopsy and molecular biology diagnostic networks showed an increase in the coefficients of coverage of 7.4, 7.3, and 62.0 times, respectively, with an increase in cases detection and treatment access. CONCLUSION: despite the effective implementation of the diagnostic network, there is a need to review the search strategy for new cases, and access to liver biopsy, still insufficient to the program demand.

OBJETIVO: evaluar el desempeño de la red de diagnóstico en el proceso de implementación del Programa de Prevención y Control de la Hepatitis Viral en São Paulo, Brasil, de 1997 a 2012. MÉTODOS: estudio de evaluación utilizando métodos mixtos - investigación documental y entrevistas estructuradas -, con análisis de series históricas de indicadores desarrollados para evaluar la implementación del programa, mediante el Departamento de Informática del SUS (Datasus). RESULTADOS: las redes de diagnóstico de serología, biopsia y biología molecular tuvieron, entre 1997 a 2012, un aumento de los índices de cobertura en el orden de 7,4; 7,3 y 62,0 veces, respectivamente, con un crecimiento en los informes de los pacientes y acceso al tratamiento. CONCLUSIÓN: a pesar de la implementación efectiva de la red de diagnóstico para el programa, hay que revisar la estrategia de búsqueda de portadores, y acceso a biopsia de hígado, aún insuficiente para la demanda del programa.

Avaliação da implantação do Programa Estadual de Prevenção e Controle das Hepatites Virais (PEHV) no Estado de São Paulo utilizando o componentelaboratorial como condição traçadora / Evaluation of viral hepatitis prevention and control of the State Program of São Paulo, using laboratory component as a tracer

O reconhecimento do problema das hepatites virais, enquanto agravode saúde e suas consequências individuais e coletivas datam de séculos, noentanto a identificação de seus agentes causadores é relativamente recente,o primeiro a ser identificado foi o vírus da hepatite B em 1965, e os outrosposteriormente. Enquanto problema de saúde pública no mundo e no Brasilas estimativas da OMS e do MS já apontavam milhões de infectados emilhares de casos de doenças e óbitos desde os anos 1980. Nos últimos 30anos, significativos progressos foram realizados no que se refere aprevenção, controle, desenvolvimento de testes laboratoriais, vacinas edrogas terapêuticas. A Secretaria da Saúde do Estado de São Paulo,reconhecendo a importância das hepatites virais no contexto da saúdepública brasileira, lançou em 2001, o Programa Estadual de Prevenção eControle das Hepatites Virais. Este programa tem, colocando de uma formasintética, os seguintes objetivos: Ampliar a detecção de casos de portadoresde hepatites virais, reduzir o surgimento de novos casos, reduzir a taxa demortalidade por hepatites virais crônicas B e C. O objetivo deste estudo foiavaliar o processo de implantação da rede de diagnóstico do PEHV e seuscomponentes – Sorologia; Biópsia e Biologia Molecular- Este últimocomponente é de especial importância devido ao processo de incorporaçãotecnológica. As preguntas avaliativas foram: 1. O PEHV implantou seucomponente de diagnóstico laboratorial? 2. As intervenções realizadasalcançaram algum efeito na rede de diagnóstico? - objetivo imediato. 3. Osefeitos sobre a rede de diagnóstico, influenciaram os outros componentes doprograma, especificamente Vigilância Epidemiológica e Assistência? -objetivo mediato.4.É possível identificar qual, ou quais, fatores deintervenção estão associados a estes efeitos? Esta pesquisa avaliativa,devido à complexidade do programa, utilizou uma abordagem por“Triangulação de Métodos” – Análise documental, entrevistas...

The recognition of the problem of viral hepatitis, while health problem andtheir individual and collective consequences date back centuries, howeverthe identification of causative agents is relatively recent, the first to beidentified was the hepatitis B virus in 1965, and other later. While publichealth problem worldwide and in Brazil, WHO estimates and MS alreadypointed million infected and thousands of cases of illness and deaths sincethe 1980s. Over the past 30 years, significant progress has been made,regarding the prevention, control, development of laboratory tests, vaccinesand therapeutic drugs. The Health Department of São Paulo State,recognizing the importance of viral hepatitis in the context of Brazilian publichealth, launched in 2001, the State Program for Prevention and Control ofViral Hepatitis. This program is, by placing a synthetic form, the followingobjectives: Increase the detection of patients with viral hepatitis, reduce theappearance of new cases, and reduce the mortality rate from chronic viralhepatitis serotypes B and C. The objective of this study is to evaluate theimplementation process of the diagnosis and its network components ofPEHV - Serology; Biopsy and Molecular Biology. The latter component is ofparticular importance due to the technological development process.Evaluative questions were: 1. The PEHV implemented its componentlaboratory diagnosis. 2. Interventions are achieving some effect on thediagnostic network. - Immediate goal. 3. The effects on the networkdiagnostic influenced the other program components, specificallyEpidemiological Surveillance and Assistance. – Does it possible to identifywhich part of the intervention goal was responsible for mediate results? 4.Which Factors are associated with these effects? This evaluative research,due to the complexity of the program used an approach by "TriangulationMethod" - Documentary analysis, interviews with key actors in the processand...

Antiretroviral resistance mutations in human immunodeficiency virus type 1 infected patients enrolled in genotype testing at the Central Public Health Laboratory, São Paulo, Brazil: preliminary results

Antiretroviral resistance mutations (ARM) are one of the major obstacles for pharmacological human immunodeficiency virus (HIV) suppression. Plasma HIV-1 RNA from 306 patients on antiretroviral therapy with virological failure was analyzed, most of them (60 percent) exposed to three or more regimens, and 28 percent of them have started therapy before 1997. The most common regimens in use at the time of genotype testing were AZT/3TC/nelfinavir, 3TC/D4T/nelfinavir and AZT/3TC/efavirenz. The majority of ARM occurred at protease (PR) gene at residue L90 (41 percent) and V82 (25 percent); at reverse transcriptase (RT) gene, mutations at residue M184 (V/I) were observed in 64 percent. One or more thymidine analogue mutations were detected in 73 percent. The number of ARM at PR gene increased from a mean of four mutations per patient who showed virological failure at the first ARV regimens to six mutations per patient exposed to six or more regimens; similar trend in RT was also observed. No differences in ARM at principal codon to the three drug classes for HIV-1 clades B or F were observed, but some polymorphisms in secondary codons showed significant differences. Strategies to improve the cost effectiveness of drug therapy and to optimize the sequencing and the rescue therapy are the major health priorities.

Identificação das espécies de roedores reservatórios de hantavírus no sul e sudeste brasileiro: (Nota Prévia) / Identification of hantavirus rodent reservoirs species in south and southeastern Brazil: (Previous Note)

BACKGROUNS: Hantavirus is a genus belonging to the Bunyaviridae family. Human infection occurs mainly by inhalation of aerosols formed from wild rodent droppings. The objectives of this study were to identify the species of rodent reservoirs of hantavirus that cause the cardiopulmonary syndrome in the southern and southeastern regions of Brazil; to understand the eco-epidemiology of this virus and the wild rodents' systematics. MATERIAL AND METHODS: Rodents were captured using Sherman traps distributed throughout natural environments and around human settlements in localities were hantavirus cardiopulmonary syndrome was detected. After species identification, biometric measures were taken of each animal. Samples of blood, liver, kidney, spleen, heart and lung were preserved in liquid nitrogen and sent to the laboratory. Blood samples were tested for IgG antibodies for hantavirus using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Voucher specimens are available at the Instituto Adolfo Lutz collection. RESULTS: A total of 4,069 rodents, belonging to 22 species, were captured. From these rodents, 201 had IgG antibodies for hantavirus. The number of positive specimens per number of captured rodents according to the natural environments studied is the following: a) Mainland: Bolomys lasiurus (130/1187), Oximicterus ruttilans (1/6), Thalpomys lasiotis (0/2), Oligoryzomys stramineus (0/1), Oryzomys nitidus (0/24), Pseudoryzomys simplex (0/14), Calomys tener (22/910), Calomys callosus (2/107); b) Atlantic rainforest: Bolomys sp (1/51), Brucepattersonius soricinus (0/16), Oximicterus quaestor (0/15), Thaptomys nigrita (1/59), Delomys dorsalis (0/1), Delomys sublineatus (0/4) Oligoryzomys delticola (0/5), Oryzomys capito (0/3), Oryzomys ratticeps (0/7), Calomys laucha (0/26); c) Both habitats: Akodon sp (14/910), Oligoryzomys nigripes (28/360), Rattus rattus (0/9), Mus musculus (2/352). Oligoryzomys nigripes was more frequent in the Atlantic rainforest. Bolomys lasiurus showed the highest capture index (44%) and the highest antibody prevalence among mainland species (10.9%). In the Atlantic rainforest, Akodon sp was the most captured species (45,4%) and Oligoryzomys nigripes showed the highest antibody prevalence (7,8%). CONCLUSIONS:Antibody prevalence indicates Bolomys lasiurus as the reservoir of hantavírus in the mainland regions of São Paulo and Minas Gerais and Oligoryzomys nigripes in the Atlantic rainforest of São Paulo, Rio Grande do Sul, Paraná and Santa Catarina. Species belonging to the genus Akodon and Calomys showed lower prevalence, and complementary studies are needed to clarify their role in hantavirus epidemiology.

DELINEAMENTO DO PROBLEMA: Os hantavirus formam um gênero da família Bunyaviridae . A infecção humana ocorre, principalmente, pela inalação de aerossóis formados a partir de excretas de roedores silvestres infectados. Os objetivos deste trabalho foram identificar as espécies de roedores reservatórios de hantavírus causadores de síndrome cardiopulmonar nas regiões Sul e Sudeste do Brasil; e compreender a ecoepidemiologia desses vírus e a sistemática de roedores silvestres. MATERIAL E MÉTODOS: Em locais onde ocorreram casos de síndrome cardiopulmonar por hantavírus, foram realizadas capturas de roedores silvestres com auxílio de armadilhas tipo Sherman, distribuídas nos diversos biomas e ambientes domiciliares, peridomiciliares e silvestres. Após identificação sistemática da espécie, medidas biométricas foram tomadas de cada animal. Amostras de sangue, fígado, rim, baço, coração e pulmão foram conservadas em nitrogênio líquido e levadas para o laboratório. O sangue foi testado pela técnica imunoenzimática (ELISA) para detecção de anticorpos IgG para hantavírus. As carcaças dos roedores foram depositadas na coleção do Instituto Adolfo Lutz. RESULTADOS: Foram capturados 4.069 roedores, de 22 espécies. Desses, 201 roedores apresentaram anticorpos IgG para hantavírus. As espécies e os respectivos números de roedores positivos por capturados, de acordo com os biomas estudados foram: a) cerrado: Bolomys lasiurus (130/1187), Oximicterus ruttilans (1/6), Thalpomys lasiotis (0/2), Oligoryzomys stramineus (0/1), Oryzomys nitidus (0/24), Pseudoryzomys simplex (0/14), Calomys tener (22/910), Calomys callosus (2/107), b) Mata Atlântica: Bolomys sp (1/51), Brucepattersonius soricinus (0/16), Oximicterus quaestor (0/15), Thaptomys nigrita (1/59), Delomys dorsalis (0/1), Delomys sublineatus (0/4) Oligoryzomys delticola (0/5), Oryzomys capito (0/3), Oryzomys ratticeps (0/7), Calomys laucha (0/ 26); c) nos dois biomas: Akodon sp (14/910), Oligoryzomys nigripes (28/360), Rattus rattus (0/9), Mus musculus (2/352). Oligoryzomys nigripes foi consideravelmente mais freqüente na mata atlântica. Bolomys lasiurus apresentou maior índice de captura (44%) e de prevalência de anticorpos entre espécies de cerrado (11%), enquanto na mata atlântica, Akodon sp foi a mais capturada (45%) e Oligoryzomys nigripes apresentou maior soropositividade (8%). CONCLUSÕES: Baseando-se na prevalência de anticorpos, Bolomys lasiurus foi identificado como reservatório de hantavírus nas regiões de cerrado de São Paulo e Minas Gerais e Oligoryzomys nigripes nas regiões de mata atlântica de São Paulo, Rio Grande do Sul, Paraná e Santa Catarina. Espécies do gênero Akodon e Calomys mostraram baixas soroprevalências e requerem novos estudos para esclarecer seu papel na epidemiologia do hantavírus.

Sensoriamento remoto orbital como recurso para análise da ocorrência da leishmaniose tegumentar americana em localidade urbana da regiäo Sudeste do Brasil / Satellite remote sensing as a tool for the analysis of the occurrence of american cutaneous leishmaniasis in Brazil

A ocorrência de leishmaniose tegumentar americana na regiäo do Vale do Paraíba e litoral Norte do Estado de Säo Paulo foi estudada por meio de sensoriamento remoto orbital e de mapas da regiäo. As áreas consideradas de risco foram localizadas numa composiçäo de imagens das bandas TM-3,4 e 5 do satélite Landsat, a vegetaçäo arbustiva foi identificada e se procuraram correlaçöes entre aquelas áreas e as características ambientais relevantes e suas mudanças. Foi caracterizada uma área de risco que pode se provar um macro habitat para vetores, reservatórios e agentes etiológicos. A busca de mudanças na paisagem e a avaliaçäo dos dados meteorológicos näo forneceram nenhum incremento dos possíveis fatores de risco. Existe plena correlaçäo entre as áreas consideradas de risco e a presença de córregos e vegetaçäo arbustiva

Análise da ocorrência de leishmaniose tegumentar americana através de imagem obtida por sensoriamento remoto orbital em localidade urbana da regiäo Sudeste do Brasil / Analysis of the occurrence of american cutaneous leishmaniasis in Brazil by remote sensing satellite imagery

As áreas onde, segundo notificaçäo, ocorreram casos de leishmaniose tegumentar americana, na regiäo de Lagoinha, Estado de Säo Paulo, Brasil (Lat 23 05 S; Lon 45 11), nos anos de 1993 e 1994, foram localizadas numa imagem do satélite TM-LANDSAT. A composiçäo colorida artificial feita com as bandas 3, 4 e 5 da imagem permitiu a identificaçäo de vegetaçäo arbustiva, ou dentro mesmo dos limites indicados para aquelas localidades ou à distância máxima de cerca de 250 metros do perímetro de cada área. A utilizaçäo de um recurso capaz de possibilitar uma visäo mais abrangente de uma área geográfica tornou evidente as vantagens do sensoriamento remoto orbital para o estudo desta endemia

Modelos matemáticos aplicados ao estudo da epidemiologia das doenças transmitidas por vetores / Mathematics models applied to epidemiology of diseases transmited by vectors

Apresenta um estudo teórico-prático envolvendo conceitos básicos da biomatemática das doenças transmissíveis, com enfoque nas doenças transmitidas por vetores, baseados nos modelos clássicos de Ross, MacDonald e Garret-Jones. Os conceitos de Reprodutibilidade Basal (RO) e Capacidade Vetorial (C) säo enfocados. Exemplifica e avalia a possibilidade de sua utilizaçäo em rotina dos programas de controle, usando o Dengue. Analisando os dados da epidemia ocorrida no final do ano de 1990 e início de 1991 na regiäo de Ribeiräo Preto, selecionou-se 12 cidades para a determinaçäo da Reprodutibilidade Basal (RO) e Estimaçäo da Capacidade Vetorial do Aedes aegypti. Faz ajustes matemáticos através do método dos mínimos quadrados e modelados em funçäo exponencial para o número de casos iniciais da epidemia, possibilitando calcular (RO) e estimar(C). Posteriormente, os resultados foram comparados com outras doenças transmissíveis. Os resultados demonstram que: é possível a utilizaçäo de modelos matemáticos na análise epidemiológica das doenças transmitidas por vetores; as informaçöes do Sistema de Vigilância Vetorial necessitam ser aprimoradas para permitir avaliaçöes mais precisas; RO para Dengue na regiäo de Ribeiräo Preto foi calculada em média de 2.16 com o máximo de 2.88 e mínimo de 1.60; comparativamente com outras doenças transmissíveis, o Dengue caracteriza-se como doença moderadamente transmissível; a estimaçäo de C para Aedes aegypti estabeleceu valores entre 5.33 a 9.59, com média de 7.38 e coeficiente de variaçäo substancialmente menor que o calculado para os Indices de Breteau das cidades durante o processo epidêmico

Estudo comparativo de eficácia de larvitrampas e ovitrampas para vigilância de vetores de dengue e febre amarela / Comparative study of the efficiency of larval and ovitraps for the surveillance of dengue and yellow fever vectors

Com a finalidade de aprimorar a vigilância entomológica dos vetores de dengue e febre amarela - Aedes aegypti e Aedes albopictus - no Estado de Säo Paulo, Brasil, realizou-se estudo comparativo de eficácia de larvitrampas (armadilhas de larvas), e ovitrampas (armadilhas de ovos). A regiäo estudada é infestada somente pelo Aedes albopictus, espécie que conserva hábitos silvestres, mas também coloniza criadouros artificiais. A primeira parte do estudo foi realizada em área periurbana de Tremembé-SP, onde foram comparados três ocos de árvore, 23 ovitrampas e 5 larvitrampas. A segunda parte dos experimentos desenvolveu-se no Município de Lavrinhas-SP, no distrito de Pinheiros, onde 20 ovitrampas foram instaladas (uma por quadra) e 5 larvitrampas foram localizadas em pontos estratégicos (comércio, depósitos e postos). Os resultados obtidos mostraram que a ovitrampa, além da capacidade de positivar-se mesmo em presença de criadouros naturais, possui eficiência superior à larvitrampa. Constatou-se que para avaliaçäo de efeitos da termonebulizaçäo as ovitrampas apresentaram uma significativa reduçäo na média de ovos, o que näo se verificou em relaçäo ao Indice de Breteau

Estivaçäo de Biomphalaria tenagophila (Pulmonata, Planorbidae) / Aestivation in Biomphalaria tenagophila (Pulmonata, Planorbidae)

É relatado o encontro de Biomphalaria tenagophila estivada, em dois municípios do Estado de Säo Paulo (Brasil): Ubatuba e Conchas. Essa característica etològica foi percebida em 15 exemplares coletados em Ubatuba e 6 em Conchas. Os caramujos estavam enterrados em fendas do solo ressecado, e, em laboratòrio, voltaram a exibir vitalidade depois de colocados em água .

Estudo da susceptibilidade da Biomphalaria stramínea (Dunker, 1848) de Taubaté, SP, à infecção por cepa S.J. de Schistosoma mansoni do Vale do Paraíba, SP / Comparative susceptibility of Biomphalaria straminea (Dunker,1848) and B. tenagophila from Taubaté, SP, to infection with the strain of Schistosoma mansoni from Vale do Paraíba, SP

Estudou-se a susceptibilidade de Biomphalaria straminea, originária do município de Taubaté, SP, comparativamente com Biomphalaria tenagophila, à infecção pela cepa S.J. de Schistosoma mansoni de São José dos Campos. Pretendeu-se determinar o potencial epidemiológico destas espécies como hospedeiros intermediários de S. mansoni frente a cepa valeparaibana. Foram inoculados individualmente 250 B. straminea e 250 B. tenagophila e mais o grupo controle. Tais moluscos ficaram sob observaçäo durante 60 dias. Foram depois esmagados para detectar presença de esporocistos nos órgãos internos. Ao término do experimento B. straminea não se mostrou suscetível à infecção pela cepa S.J. e B. tenagophila apresentou 82,2% e 83,2% de infecção nos três lotes (AU).